На моей веб-странице я хочу преобразовать загруженный видеофайл в формат flv с помощью jsp или servlets
Либо вызовите FFmpeg , чтобы выполнить преобразование в виде пакетного файла, либо используйте библиотеку, например Xuggler , чтобы выполнить преобразование в Java.
посмотрите на http://fmj -sf.net / для вдохновения.