Основное преимущество фильтров Блума над хеш-таблицами заключается в том, что их размер зависит от количества объектов в базе данных и допустимой вероятности ложных срабатываний, но не от размера самих объектов. Поскольку ваша база данных настолько мала, я сомневаюсь, что ее размер - ваша главная проблема.
HashSets теоретически лучшая структура данных для вашего требования, но поскольку база данных очень мала, структура O (log (n)), такая как SortedDictionary, часто предпочтительна, или, возможно, даже просто линейный поиск (как уже упоминалось). Я вспоминаю истории, в которых переход от коллекций на основе хеша к коллекциям на основе дерева резко повысил производительность для небольших наборов.
Лучший способ - переключаться между ними и сравнивать производительность каждого из них.