Если все, что вам нужно сделать, это создать пользователей и группы и установить пакеты, то я бы посоветовал вам просто написать два отдельных сценария.
Возможно, вы могли бы разделить часть пользователей и групп, но только если все используемые вами дистрибутивы имеют одинаковую политику для их создания (например, Ubuntu создает группу для каждого пользователя, хотя я уверен, что в некоторых дистрибутивах есть «пользователи "группа также).
Вы можете взглянуть на команды useradd и groupadd, которые должны быть доступны везде. Для Ubuntu есть также более дружественные adduser и addgroup, и я не удивлюсь, если в Fedora будет набор похожих команд.
После настройки групп вам нужно просто передать менеджеру пакетов большой список пакетов, которые вам нужно установить. Попытка установить пакеты, которые уже установлены, должна быть безопасной, поэтому вы можете установить нужные вам пакеты при «чистой» новой установке, а затем вывести список пакетов.
Итак, подведем итог: если вы не планируете поддерживать более двух дистрибутивов, я предлагаю просто написать два скрипта по отдельности.