Нет, принцип единой ответственности не касается деталей написания кода. Речь идет о том, как разделить функциональность программы на классы. В нем говорится, что если класс может измениться по нескольким причинам, это должно быть два класса. Классическим примером является класс, который создает и форматирует отчет; содержимое отчета и формат отчета могут меняться в разное время, поэтому класс является хорошим кандидатом для рефакторинга на две части.
Вы не говорите, какова функциональная ответственность вашего класса, но с точки зрения того, какую работу должен выполнять ваш класс, поиск и удаление узла XML являются лишь частями этой единственной работы, и выполнение их в одном классе и в одной операции не нарушает SRP.
(С другой стороны, если у вашего класса много логики в домене, а также много гайков и манипуляций с XML, это нарушит SRP.)