Пароли легче угадать / перебор, чем закрытые ключи (если вы не используете Debian;)
Представьте, что у вас есть учетная запись пользователя, которая запускает 120 различных автоматизированных сценариев. Если вы жестко закодировали пароль для каждого из них, теперь у вас есть 120 мест для его изменения.
Если вы поместите пароль в файл конфигурации, и все 120 сценариев прочитают его из файла, рано или поздно кто-то случайно сделает этот файл доступным для чтения. ssh не будет работать, если закрытый ключ не равен 600.
Кто-то может решить сменить пароль пользователя, не задумываясь о возможности его жесткого кодирования в каком-либо скрипте. Вы, скорее всего, остановитесь и подумаете, прежде чем менять закрытый ключ.