Нет, это невозможно с Symfony. Структура ваших модулей, их действий и шаблонов ожидается в фиксированной структуре файловой системы, и я ничего не слышал об этом изменении.
Я столкнулся с той же проблемой, с которой вы столкнулись, когда очень большой сайт имел более 30 модулей в одном приложении. Сначала это казалось громоздким, но, поработав некоторое время с этим, я обнаружил, что единственное место для поиска конкретного модуля на самом деле было выгоднее, чем искать в подструктурах, пока я не получил то, что мне нужно. Наблюдение за тем, как структура растет и растет, заставляет меня уважать добавление новых модулей только тогда, когда это абсолютно необходимо, добавление новых функций в существующие модули и рефакторинг существующих модулей для работы с новыми улучшениями, когда это возможно.
Symfony имеет функции автозагрузки, которые будут работать для папок вашей библиотеки, что позволяет вам иметь lib / one / two / three / Object.class.php или любую другую структуру, которую вы считаете подходящей.