Этот вопрос довольно старый, поэтому, вероятно, на него уже дан ответ, но на всякий случай ...
Когда масштабируется WebView, он обрезает содержимое в своем собственном прямоугольнике представления. Из описания вашей настройки кажется, что вы прокручиваете сам WebView в родительском представлении прокрутки. Что вы хотите сделать, это прокрутить содержимое WebView. Вы можете сделать это, вызвав WebView.scrollTo или WebView.scrollBy (унаследованный от View), или наоборот, из JavaScript WebView, вызвав window.scrollTo.