Я предполагаю, что вы хотите, чтобы браузер запросил /home.php, но сервер фактически использует файл, расположенный в /pages/home.php, верно? Если это так, это должно работать:
Убедитесь, что установлен модуль apache mod_rewrite. Затем используйте что-то подобное в вашей конфигурации apache, конфигурации виртуального хоста или (менее желательно) .htaccess файле:
RewriteEngine On
RewriteRule ^/(.*)$ /pages/$1
В правилах используются регулярные выражения, поэтому вы можете посмотреть ссылку на эту тему, если не уверены. Прочтите руководство для получения дополнительной информации о других директивах (RewriteCond может быть очень полезным) или опциях правила.