Если вы хотите связать расширение с вашим приложением, просто используйте свое собственное уникальное расширение файла и используйте существующие zip-процессы.
Если вы хотите убедиться, что ваше собственное приложение является ЕДИНСТВЕННЫМ приложением, которое также может читать файл, даже если пользователь изменил расширение, вам придется проделать МНОГО дополнительной работы.