Если вы знаете, что файлы всегда будут конфликтовать, вы можете запустить svn merge с опцией '--accept mine-full', которая должна гарантировать, что все конфликты будут разрешены путем принятия текущей версии в вашей ветке.
Edit:
Я не могу придумать иного приятного способа, кроме наличия скрипта, который знает об этих конкретных файлах, и после слияния он вернет содержимое этих файлов. Это зависит от запуска его вручную при каждом слиянии.
Другим альтернативным подходом было бы вообще не включать эти файлы в систему контроля версий, а генерировать их автоматически как часть вашей сборки и сохранять информацию о том, какие номера версий находятся в каждой ветви, в другой форме, например, LDAP или Mysql и сгенерируйте их как часть процесса оформления заказа или сборки. Мы используем этот подход (хотя с небольшой разницей, что мы объединяем эти изменения, но содержимое файла в любом случае перезаписывается при каждой сборке, поэтому вам все равно, какие конфликты возникают).