Да, вы можете использовать ограничение Where в Fluent NHibernate, чтобы отобразить это. Что-то вроде:
HasMany(x => x.Children).Where("IsDeleted = 0");
Ограничение Where должно использовать синтаксис SQL, а не HQL. Для таблиц, допускающих мягкое удаление, вероятно, проще отобразить представление, которое отфильтровывает удаленные записи.