Решение о том, включать ли распространяемые файлы .NET, зависит от того, ожидаете ли вы, что ваши пользователи будут иметь доступ к Интернету при установке или нет. Если они в сети, вы можете включить Bootstrapper, который загрузит все требования (я думаю, что на codeproject.com есть одно). Если они чаще находятся в автономном режиме, просто включите распространяемые. Возможно, вы захотите включить профиль клиента, хотя нет поддерживаемой автономной версии, но вы можете легко извлечь установщики из полного пакета (тогда это около 22 МБ).
Используйте Windows Forms, если вам не нужен WPF. Таким образом, вы можете придерживаться .NET 2.0 (и может поддерживать Windows 2000). Если Windows Forms недостаточно или вам действительно очень нужен LINQ, используйте 3.5 Client Profile.
С другой стороны, утилиты для многих игр написаны на Windows Forms с .NET 2.0 и просто требуют инфраструктуры, которая, кажется, подходит для обычных пользователей. Помните, что в Vista предварительно установлена версия 3.0, а в Seven - 3.5 SP1. Установки XP могут иметь 2.0 из какого-либо приложения или Центра обновления Windows.