Как насчет того, чтобы снова вызвать SetWindowPos, поменять местами параметры hwnd (таким образом, ваше исходное окно теперь является hWndInsertAfter, а начальное hWndInsertAfter теперь является hWnd, с которым вы перемещаетесь) и передать флаг SWP_NOMOVE?
Редактировать: И если точная позиция в Z-порядке не имеет значения, и вы просто хотите, чтобы она была впереди, не забудьте о SetForegroundWindow.