Кажется, у меня была такая же проблема.
Была разница в рабочей копии и индексе, который не отображался в состоянии git
cat file # show file in working copy
git show :file # show file in index/staging
эти выходные данные имели четкие различия, в то время как git status сказал, что это чистая рабочая копия.
После некоторых поисков я обнаружил, что индекс, вероятно, поврежден, и нашел
https://makandracards.com/makandra/5899-how-to-fix-a-corrupt-git-index
rm .git/index
git reset
, которая исправила проблему для меня. Если какие-либо файлы были размещены, они, вероятно, потеряны, но по крайней мере теперь git видит изменения в локальной рабочей копии.