Просто чтобы предоставить альтернативу более высоким рейтингам ответов:
Если вы создаете репо и заранее знаете, что в будущем вы будете перебазировать его «первый» реальный коммит, вы можете полностью избежать этой проблемы, сделав вначале явный пустой коммит:
git commit --allow-empty -m "Initial commit"
и только потом начинайте делать "настоящие" коммиты. Затем вы можете легко сделать перебазировку поверх этого коммита стандартным способом, например git rebase -i HEAD^