Запустите таймер в Javascript при отображении сообщения. Остановите таймер, когда пользователь подтвердит сообщение. Используйте AJAX для отправки времени в ваше приложение PHP / CodeIgniter.
Запустите таймер, когда вы собираетесь задать вопрос по StackOverflow. Не отправляйте вопросы, написание которых занимает менее 5 секунд.