Хотя подход @Джона Шихана работает, вы сталкиваетесь с jQuery fadeIn / fadeOut ClearType глюк в IE7. Лично я бы выбрал подход setTimeout()
@John Millikin, но если вы настроили чистый подход jQuery, лучше активировать анимацию на свойстве не непрозрачности, например на полях.
var left = parseInt($('#element').css('marginLeft'));
$('#element')
.animate({ marginLeft: left ? left : 0 }, 5000)
.fadeOut('fast');
Вы можете быть немного чище, если знаете, что ваша маржа является фиксированным значением:
$('#element')
.animate({ marginLeft: 0 }, 5000)
.fadeOut('fast');
РЕДАКТИРОВАТЬ : похоже, что плагин jQuery FxQueues делает именно то, что вам нужно:
$('#element').fadeOut({
speed: 'fast',
preDelay: 5000
});