Я думаю, что ваш единственный шанс сделать это на виртуальном хостинге - это настройка open_basedir.
В каждом веб-корне создайте файл .htaccess, содержащий следующее:
php_admin_value open_basedir /path/to/current/web/site
если это работает, каждый fopen(), include() и т. Д. Доступ за пределами /path/to/current/web/site должен завершаться ошибкой с сообщением об ошибке.
Вполне возможно, что ваш провайдер отключил эту возможность - если это так, она будет игнорироваться. Возможно также, что open_basedir уже был установлен централизованно для всех ваших сайтов. Этот параметр может быть унаследован, что делает дальнейшие настройки спорными. Вам придется попробовать.