По моему опыту, такие файлы, как msvbvm60.dll, различные OCX, имеют тонкие зависимости, которые портят работу при попытке установки в каталог собственного приложения. Нашим решением было отследить все зависимости и убедиться, что они были частью установки и обрабатывались правильно в соответствии с правилами Microsoft.
За 8 лет, прошедших с тех пор, как MS прекратила разработку VB6, мы мало что испытали на пути к DLL Hell. (около полдюжины инцидентов в более чем 500 с лишним инсталляциях), и это было результатом того, что клиент перебирал Windows XP до того, как мы туда попали.
Короче говоря, любой пользовательский или сторонний материал помещается в каталог вашего приложения. Остальное гарантирует, что все включено, и позволяет установить его в системную папку в соответствии с рекомендациями MS.