Что вам нужно сделать, это просто выписать значение из viewdata в соответствующем месте. Примерно так:
....
url:'/Marker/MarkerDetailPartial/<%=ViewData["id"]%>',
....
Или вот так:
....
data:{'id':<%=ViewData["id"]%>},
....
Помните, что весь код на стороне сервера уже выполняется и отображается при выполнении вашего JavaScript.