Используя WIX, извините, не знаю, что вы используете. Я бы создал
<Binary Id="webServiceScript.sql" src="[DirectoryToFile]\webServiceDataScript.sql" />
После настройки ЦС для запуска скрипта
<CustomAction Id="CallCmd" Value="[Path_to_Exe_Folder][Your_EXE_TO_RUN_SCRIPT_HERE]" />
<CustomAction Id="RunCmd" ExeCommand="webServiceScript.sql" BinaryKey="webServiceScript.sql" Return="Ignore" />
Затем просто настройте последовательность установки
<InstallExecuteSequence>
<Custom Action="CallCmd" Before="InstallFinalize" />
<Custom Action="RunCmd" After="CallCmd" />
</InstallExecuteSequence>