Если вы откроете файл appref-ms в текстовом редакторе, вы увидите, что он содержит URL-адрес для приложения, культуру, архитектуру процессора и ключ, используемый для подписи приложения, так что да, это просто ссылка.
Разница между этими файлами "Application Reference" и ярлыками (.lnk) заключается в том, что ссылка на приложение указывает на исходный URL-адрес приложения, а не на расположение исполняемого файла на диске, когда вы запускаете файл appref-ms, который система знает как найти копию программы на локальном диске и запустить ее оттуда, не обращаясь к URL-адресу (это не является точным и зависит от настроек в манифесте ClickOnce, но в близком приближении).