Имея такую таблицу (с заголовком и телом)
<table id="myTableId">
<thead>
</thead>
<tbody>
</tbody>
</table>
удаляет каждого tr, у которого есть родительский элемент tbody внутри # tableId
$('#tableId tbody > tr').remove();
и наоборот, если вы хотите добавить в таблицу
$('#tableId tbody').append("<tr><td></td>....</tr>");