Вам необходимо зашифровать диски, все остальное позволит злоумышленникам просто подключить диск к другой машине и извлечь содержимое.
Вы не должны реализовывать шифрование самостоятельно - гораздо лучше полагаться на чужой проверенный код. Я предлагаю TrueCrypt для шифрования дисков.
Тогда, может быть, вы захотите добавить хук в свое приложение, чтобы запрашивать пароль, когда оно хочет получить доступ к зашифрованным данным. Или вы устанавливаете TrueCrypt на машину и заставляете пользователя подключать диск, когда они хотят получить доступ к данным, в зависимости от точного способа работы с данными.