Я думаю, что вы ссылаетесь на ссылку в теге ссылки в вашем заголовке?
Если это так, лучшим решением, по моему мнению, является использование Url.Conent, чтобы ваш тег ссылки был похож на:
<link href="<%=Url.Content( "~/Content/Site.css" ) %>" rel="stylesheet" type="text/css" />
Таким образом, независимо от того, по какой ссылке пользователь просматривает, ссылка на таблицу стилей всегда верна.