Вы выиграли уменьшенную сложность. Настройка приложения становится все более сложной, когда задействовано больше движущихся частей. Пока интерфейсный Apache ничего не делает, кроме пересылки запросов на соответствующий сервер веб-приложений, это очень простой элемент, который легко понять.
Как только вы начинаете добавлять бизнес-логику к этой части, она становится неотъемлемой частью системы и должна быть идеально настроена для работы вашей системы.
Это также увеличивает сложность локального запуска системы для разработки и / или исправления ошибок: гораздо проще запустить простой tomcat в выбранной вами IDE, чем иметь полностью настроенную систему Apache + Tomcat.
Дальнейшее более автоматизированное тестирование становится намного сложнее, поскольку запускать экземпляр Tomcat практически тривиально, но вы получите больше движущихся частей, если подключитесь и к серверу Apache HTTP.
Подводя итог (tl; dr) : добавление большего количества движущихся частей усложняет каждую часть вашего жизненного цикла разработки. Вы должны делать это только в том случае, если есть явный выигрыш, который перевешивает цену.