Что ж, файлы "bnd.xmi", которые вы удалили, являются специфичными для WebSphere дескрипторами развертывания, содержащими информацию о привязке. Одна из вещей, которые упоминаются, - это имя, под которым можно связать каждый отдельный дом EJB.
Вы не можете запустить модуль EJB, если эта информация о привязке не существует где-то .
Если вы удаляете эти файлы (которые создаются RAD), вам необходимо назначить новую информацию о связывании из консоли администрирования или с помощью сценариев развертывания на основе wsadmin.
Короче ... давайте начнем с восстановления тех файлов, которые вы стерли. : -)