Использование файлов WSP - единственный правильный способ развертывания кода в SharePoint. Хотя вы можете скопировать одни и те же файлы вручную, это сложнее и вряд ли решит проблему.
Поскольку активация функций не работает, вероятно, что-то пошло не так с шагом установки. Убедитесь, что ожидаемые папки объектов существуют в 12 кустах и что идентификаторы в файлах feature.xml там совпадают с идентификаторами компонентов, которые вы пытаетесь активировать - VSeWSS часто генерирует объекты с тем же именем, но разными идентификаторами, что вызывает все виды проблем, если присутствует более ранняя версия. Вы также захотите убедиться, что функции не скрыты, что возможно, если они были предназначены для активации программным способом.