Вы имеете в виду отдельный исходный файл или отдельный исполняемый файл?
Отключить оптимизацию для исполняемого файла просто:
bin_PROGRAMS = myprog
myprog_SOURCES = foo.c bar.c
myprog_CFLAGS = -O0
Если вы имеете в виду, что вы хотите отключить оптимизацию для одного исходного файла временно , скажем, в целях отладки, вы можете просто переделать этот файл в командной строке: (пример из руководства по automake)
rm bar.o
make CFLAGS=-O0 bar.o
make
Сделать это для отдельного исходного файла навсегда не так просто, и, вероятно, лучше всего это сделать, создав вспомогательную библиотеку:
noinst_LIBRARIES = libnoopt.a
libnoopt_a_SOURCES = bar.c
libnoopt_a_CFLAGS = -O0
bin_PROGRAMS = myprog
myprog_SOURCES = foo.c
myprog_CFLAGS = -O2
myprog_LDADD = libnoopt.a