Я бы подумал, что это самоочевидно из структуры файла application.xml EAR, но вот пример того, как он выглядит с двумя WAR:
<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>
<application>
<module>
<web>
<web-uri>/directory/of/war1</web-uri>
<context-root>/war1</context-root>
</web>
</module>
<module>
<web>
<web-uri>/directory/of/war2</web-uri>
<context-root>/war2</context-root>
</web>
</module>
</application>