Похоже, что в Prototype пока нет особых функций тайм-аута. Похоже, что это определенно в работе, см. Прототип билета № 220 . Я предполагаю, что он использует любой глобальный тайм-аут для браузера XMLHTTPRequests.
Может быть, это поможет: Тайм-ауты AJAX с прототипом
Ему уже несколько лет, но он все еще может добиться цели.
JQuery , кажется, имеет встроенный.