Я считаю, что проблема в том, что вы помещаете ваши операторы Javascript в тот же тег сценария, что и тег, включающий jquery.
Я изменил ваш код на это, и это решило проблему для меня:
<script src="scripts/jquery-1.4.min.js" type="text/javascript"></script>
<script type="text/javascript" language="javascript">
$(document).ready(function() {
$('#<%= LinkButton1.ClientID %>').click(function(e) {
$('#app').toggle("fast");
return false;
});
});
</script>