Существует три распространенных способа установки пути к классам:
- определить переменную среды
CLASSPATH
- добавить
-cp
аргумент к вызову Java
- объявить путь к классу в файле манифеста jar.
Я рекомендую второй вариант. Просто напишите сценарий оболочки или командный файл, который выполняет Java с classpath и классом, содержащим метод main.