Не знаю, как вы предпочитаете это делать, но этот сценарий принимает имя файла в качестве аргумента и записывает результаты в тот же файл.
Const ForReading = 1, ForWriting = 2
Dim fs, txt, contents
Set fs = CreateObject("Scripting.FileSystemObject")
Set txt = fs.OpenTextFile(WScript.Arguments(0), ForReading)
contents = txt.ReadAll
txt.Close
contents = Replace(contents, vbCr, "")
contents = Replace(contents, vbLf, "")
Set txt = fs.OpenTextFile(WScript.Arguments(0), ForWriting)
txt.Write contents
txt.Close