Три вещи:
1) Больше нет вспомогательного компонента, отдельного от сеансового компонента EJB.
2) Существует URL JNDI, шаблон установлен в seam.properties (пример для JBoss в Сохранение Java с Hibernate выглядит как
org.jboss.seam.core.init.jndiPattern=caveatEmptor/#{ejbName}/local
Seam расширяет оценщик языка выражений версией, которая знает о своих новых областях и знает, где искать EJB.
3) Seam - это не веб-фреймворк, а скорее стек приложений, благодаря которому все JSF, EJB3 и Hibernate лучше играют вместе, поэтому не должно повредить наличию аннотаций Seam в EJB.