Filezilla предназначен только для загрузки WAR, а не для его развертывания. Используйте Filezilla для подключения к серверу через FTP. Найдите каталог развертывания веб-приложений на сервере приложений (например, в Tomcat это часто каталог «webapps»). Загрузите файл WAR туда. Затем следуйте инструкциям по развертыванию для вашего конкретного сервера приложений.