В файле .js просто перетащите файл jquery-x.x.x-vsdoc.js из JQuery, чтобы получить смысл. Это добавит
/// <reference path="jquery-1.4.1-vsdoc.js" />
тег и включает intellisense.
Для встроенного JavaScript вы можете использовать ту же технику, однако он генерирует тег включения javascript, например:
<script src="Scripts/jquery-1.4.1-vsdoc.js"type="text/javascript"></script>
После этого должен работать intellisense