Процессором XSLT по умолчанию для IE6 является MSXML 3.0. Вы можете забыть о выполнении XSLT в MSXML 3. Он поддерживает даже не подмножество XSLT, а более старый черновик. Тем не менее, большинство людей будут иметь установленный MSXML 4 или выше, через обновление программного обеспечения, MS Office или каким-либо другим способом. XSLT в MSXML 4 и выше действительно быстрый, намного быстрее, чем XSLT в Firefox.
Итак, тестируйте не версию IE, а версию MSXML. Сначала попробуйте MSXML 6, и, если он не существует, откат к MSXML 4. Не пытайтесь MSXML 5, это была промежуточная версия, используемая Office, но больше не поддерживается Microsoft.
MSXML поддерживает функции расширения (к сожалению, Firefox нет), поэтому вы можете добавить поддержку EXSLT с помощью JavaScript.