У меня была та же проблема с отчетом Eclipse, что он работал в JRE (Win7 x64, 32-битная версия JDK 1.6, обновление 21), хотя я указывал, что он должен использовать JDK.
Я наконец удалил JRE6 , который можно установить вместе с JDK, и сообщение исчезло.
Кто-то с более глубоким пониманием Windows должен будет объяснить, почему он это делает, но он явно игнорирует настройку eclipse.ini, а также JAVA_HOME и запускает eclipse в JRE.
Мой eclipse.ini:
-vm
C:/Java/jdk1.6.0_21/bin/javaw.exe
-startup
plugins/org.eclipse.equinox.launcher_1.0.201.R35x_v20090715.jar
--launcher.library
plugins/org.eclipse.equinox.launcher.win32.win32.x86_1.0.200.v20090519
-product
org.eclipse.epp.package.jee.product
-nosplash
org.eclipse.platform
-vmargs
-Dosgi.requiredJavaVersion=1.5
-Xms32m
-Xmx1024m
-Xss6m
-XX:PermSize=32m
-XX:MaxPermSize=256m
-XX:CompileThreshold=5
-XX:MaxGCPauseMillis=10
-XX:MaxHeapFreeRatio=70
-XX:+UseParallelGC
-XX:+AggressiveOpts
-Dcom.sun.management.jmxremote
JAVA_HOME
C:\Windows\system32>echo %JAVA_HOME%
C:\Java\jdk1.6.0_21