Панель инструментов и другие подобные устройства предназначены для защиты пользователей от нежелательных всплывающих окон. Единственный способ для них определить, является ли окно «требуемым», состоит в том, чтобы определить, вызывается ли window.open в обработчике события для инициируемого пользователем события, такого как нажатие кнопки. Таким образом, если вы попытаетесь сделать что-то вроде вызова window.open при загрузке документа или в обработчике успеха AJAX, панель инструментов (и другие блокировщики) предположит, что всплывающее окно подозрительно.
Вы ничего не можете с этим поделать, кроме как, как отметил г-н Бьюкен, сказать своим пользователям, чего ожидать. По возможности запускайте всплывающие окна непосредственно из обработчиков кликов.
Более радикальным изменением было бы отойти от window.open и использовать имитированные всплывающие окна, сделанные из плавающих элементов, которые покрывают часть страницы. Что-то вроде того, что дают вам диалоги пользовательского интерфейса jQuery.