Если вы говорите какое-то обычное Java-приложение, работающее вне контейнера, то вам не повезло. По сути, вам необходимо настроить собственную реализацию JNDI с собственным пулом настройки соединений и т. Д.
Однако вы можете писать "автономные" приложения Java EE. Это приложения, которые работают в клиентском приложении Java EE. По сути, это приложение, которое развертывается и упаковывается, но затем выполняется с помощью средства запуска, предоставляемого вашим контейнером Java EE.
При работе в среде клиента приложения все ресурсы сервера приложений (пулы соединений, EJB, очереди и т. Д.) Доступны для вашего приложения так же, как если бы код был развернут на сервере приложений.
Здесь является некоторой учебной документацией для Sun App Server 8.2, которая является контейнером J2EE 1.4.
Если это возможно, я бы настоятельно рекомендовал перейти на Glassfish v2.1, просто более современный, более совершенный сервер, который должен развертывать ваши приложения так, как он есть, поскольку он является потомком 8.2.