Учебные руководства по NetBeans можно найти здесь: http://netbeans.org/kb/trails/java-se.html
Для начала просто создайте простой Java-проект. Другие типы, вероятно, включают в себя различные плагины или библиотеки, которые вам не понадобятся сразу. WAR - это архив классов Java и других файлов, составляющих веб-приложение.
Версия JDK по умолчанию, которая установлена на вашем Mac, должна подойти, но если вы хотите обновить или поработать с любыми другими настройками Java, OS X предлагает все это для вас. У Apple есть хороший учебник: http://developer.apple.com/java/faq/
Редактировать : Хорошо, если вы хотите создать веб-приложение, то первым делом нужно узнать, как организовано веб-приложение на Java. Это сделает вашу жизнь намного проще. Java EE - это в основном модное слово (IMO), и оно относится к определенному набору библиотек. Не важно знать, что официально считается Java EE, а что нет. Чтобы узнать, как выглядит веб-приложение на Java, лучше всего обратиться к руководству Tomcat. Прочитайте этот раздел , затем создайте WAR-проект в Netbeans, и у вас должно получиться хорошее начало. Не пытайтесь сначала откусить слишком много, просто сделайте Hello, World! приложение.