Я не работал с puttycm, но мой опыт Putty говорит мне, что puttyagent, который идет с putty, является ответом на ваш вопрос.
Putty-agent хранит все предоставленные вами закрытые ключи и использует их для автоматической авторизации. Закрытый ключ может быть добавлен с помощью стандартных ssh-agent инструментов, таких как ssh-add, или с помощью GUI.