Новая спецификация EJB (3.1) добавляет возможность указывать глобальные имена JNDI для EJB. Это означает, что вы можете использовать их в любом бине, где угодно.
Однако вы должны выполнить явный поиск JNDI, поскольку контейнер EJB 3.1 не будет знать о вашем POJO.
Единственное исключение, которое, я предполагаю, к вам не относится, - это если ваш POJO действительно является клиентом приложения, и в этом случае, если поле, которое должно содержать EJB, является статическим, вы можете применить аннотацию @EJB к этому. Если это ваша ситуация, вы должны проверить правила клиента приложения в общей спецификации Java EE 5.
Наконец, Java EE 6 с включением JSR-299 может позволить тому, что вы описываете, каким-то образом произойти; Я еще не знаю спецификацию, поэтому не могу комментировать.
Надеюсь, это все поможет.