Звучит так, как будто вы позволяете контейнеру автоматически генерировать схему из ваших сущностей, чтобы вам не приходилось ломать голову, создавая собственный ORM (почему бы и нет?). Если это так, в проекте Apache есть изящный инструмент называемый DdlUtils, который может оказаться полезным.
Сначала сделайте резервную копию старой базы данных, затем повторно разверните обновленное приложение, чтобы создать пустую базу данных с новой схемой. Используя DdlUtils, вы можете подключиться к двум базам данных и сгенерировать SQL, необходимый для переноса вашей старой базы данных в новую схему, сохраняя ваши данные.
Это работает как шарм, если вы просто добавляете или удаляете таблицы или столбцы. Я не знаю, насколько хорошо это работает, когда вы делаете что-то вроде изменения имен столбцов. В этом случае вам может понадобиться отредактировать sql вручную.