Я просто использовал свой собственный подкласс сайта и создал для него собственного администратора.
По сути, когда вы создаете подкласс модели в django, он создает FK, указывающий на родительскую модель, и позволяет прозрачно обращаться к полям родительской модели - так же, как вы обращаетесь к атрибутам родительского класса в pyhon.
Встроенный администратор никак не пострадает, но вам придется отменить регистрацию Сайтов ModelAdmin и зарегистрировать свой собственный ModelAdmin.