У вас здесь противоречивые требования, потому что вы хотите, чтобы ваши файлы JavaScript были удобными и модульными для удобства сопровождения во время разработки, но в процессе производства вы хотите, чтобы они были объединены, чтобы минимизировать количество выполняемых HTTP-запросов, что повышает производительность.
Лично я нашел Jammit как хорошее решение для управления этими явно противоречивыми целями. Это драгоценный камень, который упаковывает ваши активы (CSS и JavaScript) и в качестве бонуса может также сжать их.