Вы можете поместить его в папку приложения (лучшее решение) или добавить тег codebase в веб-конфигурацию, как описано в этой записи MSDN :
<configuration>
<runtime>
<assemblyBinding xmlns="urn:schemas-microsoft-com:asm.v1">
<dependentAssembly>
<assemblyIdentity name="MyAssembly2" culture="neutral" publicKeyToken="307041694a995978"/>
<codeBase version="1.0.1524.23149" href="FILE://C:/Myassemblies/MyAssembly2.dll"/>
</dependentAssembly>
</assemblyBinding>
</runtime>
</configuration>
Добавьте его в GAC, только если вы хотите поделиться этой сборкой.