Конечно, это вполне возможно. Задача Ant Jar может делать все, что может делать командная строка jar . Вы делаете это с флагом update
, установленным в true вместо false.
<jar destfile="/x/y/z/file.jar"
basedir="/a/b/c/"
update="true"
/>
Там, где на этом пути уже существует пункт назначения.
РЕДАКТИРОВАТЬ: установить путь
<jar destfile="/x/y/z/file.jar"
update="true">
<zipfileset dir="/a/b/c"/ prefix="x/y/z" />
</jar>