"AV нельзя отключать или исключать из каталогов."
Сразитесь с вашим ИТ-отделом, чтобы добавить свои репозитории в исключения. ЛУЧШИЙ, если AV поддерживает «Информационный режим только», сделайте так, чтобы он работал с вашими репо в информационном режиме. В большинстве случаев такие старые вирусы являются просто ложными срабатываниями. Добавьте precommit hooks для антивирусной проверки любого файла и отклоните коммит, если он помечен вирусом.
Если AV сообщает, что старый файл заражен, проверьте, не ложно ли положительный результат. Если это не так, а файл действительно старый вирус, просто зафиксируйте его удаление и полностью игнорируйте его существование в вашей истории.